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개별법에 따라 사전에 관한 정부부처의 인·허가가 필요한 업종은 사업자등록에 앞서 인·허가서의 사본을 사업자등록시 제출해야 한다.

법인기업에 해당하는 합자회사의 경우 사업업종과 관련된 관할관청에서 사업에 대한 인·허가를 취득해야 한다.

인·허가를 취득한 다음에 법인설립등기를 한 후 30일 이내에 관할 세무서에 법인설립신고를 해야 한다.

합명회사와 주식회사와의 중간적 회사로 합자회사의 설립절차는 주식회사보다는 간단하나, 합명회사의 설립절차보다는 약간 복잡하다.

합자회사는 최저 2인 이상의 발기인을 필요로 하며, 그 중 1인은 출자한도가 정해져 있는 사람 이어야 한다.

발기인이 협의하여 정관을 작성하고 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 합자회사는 설립된다.

합자회사의 설립하는 경우 정관에는 목적, 상호, 사원의 성명과 주소, 사원의 출자의 목적과 그 가격 또는 평가의 표준, 본점과 지점의 소재지, 정관의 작성년월일의 절대적 기재사항과 대표사원, 사원의 사퇴이유 등의 상대적 기재사항 등을 기재하여야 한다.

그리고 설립등기를 함에 있어서는 먼저 합명회사 설립등기신청서를 작성하고 대표사원을 선임한 때에는 사원총회의사록 또는 대표사원 선임동의서, 인감신고, 유한책임사원의 출자수취증명서, 위임장 등을 설립등기신청서에 첨부하면 된다.

정관이란 실질적으로는 회사의 조직활동을 정하는 근본규칙을 말하고 형식적으로는 그 근본 규칙을 기재한 서면을 말한다. 정관은 곧 회사의 준칙이기 때문에 설립자는 물론이려니와 그 후의 신입사원도 구속하는 자치적 법규의 성질을 가지므로 공증인의 인증이 있어야만 효력을 발생시킨다. 정관에는 절대적 기재사항, 상대적 기재사항 및 임의적기재사항이 있다.

법인설립등기는 회사의 설립절차에 있어서 최후의 단계에 속한다. 회사는 설립등기에 의해서 성립하며 법인으로서 존재하게 된다. 창립총회가 종결된 날로부터 2주내에 이사의 공동신청에 의하여 법원(본점소재지 관할)에 설립등기를 하여야 한다. 구체적인 법인설립 등기업무는 법무사에 의뢰하여 신청한다.

신설법인의 사업자등록신청은 법인설립신고와 병행하여야 하는데, 관할세무서(법인세과)에 사업자등록을 하여야 한다.

사업자 등록시 유의할 사항은 다음과 같다.

- 사업장단위로 사업자 등록
사업장이란 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소를 말하는데, 여러 개 있을 경우에는 사업장마다 사업자등록을 해야 한다. 다만 보관, 관리시설만 갖춘 하치장은 설치한 날로부터 10일 안에 하치장 소관세무서장에게 설치신고서를 제출한다.

- 여러 가지 사업을 겸업할 경우
부가가치세가 과세되는 사업을 하는 경우(면제되는 업종도 함께 하는 경우도 포함)에는 부가가치세법에 의한 사업자등록을 하여야 하고, 면제되는 사업만 하는 경우에는 소득세법 또는 법인세법에 의한 사업자등록을 하면 된다.

- 공동사업자의 경우
2인 이상이 공동으로 사업을 하는 경우는 사업자등록신청은 공동사업자중 1인을 대표자로 하고 공동사업자의 전원의 주민등록등본을 붙여 대표자 명의로 신청하며 동업계약서 등의  서류를 함께 제출한다.

- 사업자등록 미이행시 가산세 부과내용
사업자등록을 하지 않고 사업을 하면 사업개시일로부터 등록한 날이 속하는 예정신고기간 (예정신고시간이 지난 경우에는 그 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인은 100분의 1,   법인은 100분의 2에 해당하는 금액을 가산세로 물어야 한다.
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